In WinTree worden gegevens vaak opgezocht met behulp van zoekschermen. Afhankelijk van het scherm waarin gewerkt wordt, wordt er een ander zoekscherm getoond. De werkwijze is echter overal in WinTree identiek.
In het invoervak, links bovenin het zoekscherm, kan hetgeen gezocht wordt, ingevoerd worden. Normaal gesproken komt de cursor hier automatisch te staan en kan direct iets ingetypt worden. Het criterium waarop gezocht moet worden, wordt middels de drop-downlijst bij ''Zoeken op:'' bepaald. WinTree begint direct te zoeken zodra informatie wordt ingevoerd, de cursor verandert even in een zandloper. Het zoekresultaat wordt in het rechter deel van het zoekscherm geopend. Hoe meer gegevens ingevoerd zijn, hoe minder het zoekresultaat toont.
Procentteken
Is niet precies bekend wat bijvoorbeeld de juiste naam van een relatie is kan het procentteken (%) worden gebruikt. Voer ‘%HUIS’ om alle relaties die eindigen op ‘HUIS’ te zoeken. WinTree zal bijvoorbeeld Boshuis, maar ook Grashuis vinden.
Een procentteken kan worden gebruikt om ieder willekeurig aantal tekens te vervangen. Er mogen ook meerdere procenttekens gebruik worden. Alleen een procentteken toont alles.
Spatie
Bij het zoeken op bijvoorbeeld firmanaam of Latijnse naam kan, in plaats van het %-teken, ook de spatie gebruikt worden.
Checkbox
Met behulp van checkboxen kunnen extra zoek-criteria worden opgegeven.
Instellingen opslaan
Zodra in ''’Zoeken op'' een ander criterium wordt geselecteerd komt er een checkbox "Instelling onthouden" in het scherm. Hiermee kan het geselecteerde criterium worden opgeslagen zodat het criterium een volgende keer met openen van het zoekscherm direct getoond wordt. Wordt WinTree in een netwerk gebruikt, dan worden deze instellingen per WinTree-gebruiker opgeslagen.